2、质押库制度。新质押式回购的融资方在进行回购申报前必须申报质押券，作为质押券的现券将被实行“转移占有”。即投资者必须指明那些现券作为质押券，这些债券被过户到质押库中，作为质押券的债券不可以卖出。
3、交易系统进行前端检查。在回购交易时，交易系统按证券账户对回购交易进行前端检查。只有在标准券足额的情况下，融资回购申报才有效，这意味着，投资者在进行回购融资前，必须首先申报足额的质押券，否则不能进行回购交易；融券方的资金检查还是由证券公司系统实行前端控制。
2006年5月8日后，新质押式回购与过去质押式回购并行，但两个品种在证券代码和证券账户两个环节都相互隔离。